15 Jahre nach dem vierten Shinobi-Weltkrieg ist Naruto der siebente Hokage in Konoha.
In dieser nun entwickelten Stadt finden erneut
Chunin-Auswahlprüfungen statt, an denen nicht nur aufstrebende Genin aus Konoha, sondern auch Nachwuchs aus den fünf anderen Ländern teilnehmen. Sarada, Sasukes Tochter, die Naruto bewundert, Boruto, Narutos Sohn, der Sasukes Schüler werden will und der mysteriöse Mitsuki, der das Dreierteam komplettiert, nehmen an der Prüfung teil.
Während dieses freundschaftlichen Ereignisses tauchen Momoshiki und Kinshiki auf, vor deren Bedrohung Sasuke Naruto vorab warnte. Mit dem Rinnegan ausgestattet, versuchen die beiden Eindringlinge Naruto zu ermorden, was die jungen Shinobi – insbesondere Boruto – aus der Bahn wirft. Von Sasuke geschützt verschwindet Naruto spurlos vor den Augen seines Sohnes.
Um diesen unbekannten Feind zu schlagen entschließen sich die fünf Kage mit Sasuke und Boruto, auf eine Mission mit unbekannten Folgen zu gehen…